Para evitar está situación cada nodo hijo que se agregue al XML debe tener exactamente el mismo namspace de el documento o al menos así me funciona a mi. Por ejemplo:
Código Delphi
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procedure TForm1.Button3Click(Sender: TObject);
var
Document: IXMLDocument;
iNode: IXMLNode;
Myxmlns: string;
begin
Document := TXMLDocument.Create(nil);
Document.Options := [doNodeAutoIndent] ;
Document.Active := True;
Document.Version := '1.0';
Document.Encoding:= 'UTF-8';
Myxmlns := 'urn:iso:std:iso:20022:tech:xsdain.008.001.02';
Document.DocumentElement := Document.CreateNode('Document');
Document.DocumentElement.Attributes['xmlns'] := Myxmlns;
Document.DocumentElement.Attributes['xmlns:xsi'] := 'http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance';
iNode := Document.DocumentElement.AddChild('CstmrDrctDbtInitn', Myxmlns);
end;