Compañero, necesitas ampliar la información sobre tu duda.
Por que de primera mano se me ocurren varias respuestas:
Enviar el archivo vía FTP
o a través de Smtp
O haciéndo uso de SOAP
o probablemente haciendo uso del OpenXml de Sql Server.
O haciendo uso de sockets implementando tu propio algoritmo de comunicación.
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