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Ya tienes la respuesta, llena la matriz con los números por parejas. Digamos que llenas la matriz dentro de una sentencia FOR que tendrá n / 2 ciclos, donde n es el número de elementos de la matriz que siempre deberá ser par.
Tomando tu ejemplo la matriz quedaría de esta forma:
1 1 2
2 3 3
Ahora los mezclas en otro ciclo con x repeticiones.
Aquí la idea es tomar dos elementos de la matriz de forma aleatoria digamos [1,1] y [2,2], los intercambias quedando así.
3 1 2
2 1 3
Si esto lo repites muchas veces todos los elementos quedarán en posiciones aleatorias (revueltos).
Saludos
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