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Depende. Es más: no sólo hay esas dos opciones. Lo que tienes que plantearte es cómo vas a funcionar tú y ser coherente. Por ejemplo, si eres como yo e intentas hacerlo todo con objetos, pues ve hacia los objetos (y de hecho PDO funciona con objetos), pero si eres más de funciones y procedimientos, pues tira de eso.
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