Hola bitbow,
probe las dos variantes y por bloques en sql de 1000 en 1000 iba bastante mas lento que de uno en uno, ya que tengo los datos directos para insertar, en bloques los tengo que ir guardando en y volver a leer. Ahora escribiendo lo que no probe es usando el comando prepare, podria ser ayude, pero ya no voy a cambiar nada mas, al menos por el momento.
Ahora descargando el archivo, descomprimir, leer linea por linea e importarla acabo en 15-20 min