Lo que tu quieres hacer si es posible, y ya se trato varias veces en el foro. Tienes que incluir el segundo ejecutable como un "recurso" (resource) dentro del primer ejecutable. Prácticamente cualquier archivo puede incluirse dentro de un ejecutable como un "recurso", y no hay ningún problema en que ese archivo sea un ejecutable.
Busca por la palabara resource
Por otro lado, si lo que te preocupa es saber si los archivos han sido modificados, una buena solución es usar sumas de comprobación (md5, sha1, ...). Solo tienes que calcular el hash de los archivos que quieres controlar, luego para saber si han sido modificados, o para comparar dos archivos entre si, solo tienes que volver a calcular su hash y compararlo con el valor guardado.
Para calcular el md5 o sha1:
http://www.clubdelphi.com/trucos/index.php?id=402