Para
encriptar una contraseña lo que tienes que hacer es escribirla en un papelito, ir a la catedral de Santiago de Compostela (o a la de Palencia, si te pilla más cerca), visitar la
cripta y dejar el papelito al lado del sarcófago del santo...
Perdón por el chiste malo, pero es que llevaba tiempo queriendolo hacer.
Ahora en serio:
El cifrado de contraseñas es todo un arte. Existen muchísimas formas diferentes, desde el simple
cifrado César a los más complejos que puedas imaginarte. Lo único que hay que hacer es asegurarse de que ambos lados de la línea (tu JavaScript y tu PHP) sean capaces de entenderlo.
La buena noticia es que no necesitas hacerlo. Es decir, si el servidor donde tienes la web (el código PHP, vamos) tiene la posibilidad de usar el protocolo HTTPS, el propio navegador y el servidor se encargan de cifrar y descifrar la información que envíen y reciban (la "S" final significa "Secure"). Sólo tienes que configurar el servidor para que los documentos/programas PHP que quieras que funcionen de forma segura únicamente admitan peticiones HTTPS.