Yo lo veo complicado porque, ¿qué pasa si las imágenes tienen diferente número de fotogramas? ¿Y si usan paletas de color diferentes?
De todas formas, y por si te sirve, échale un vistazo a
la bibliteca Vampyre Imaging. Es una de las que más me gustan para manipulación de imágenes
"en general". Soporta muchos formatos, incluido el GIF, y posee muchos métodos y clases que facilitan todo tipo de modificaciones.