Yo uso
GNU/Dia. Está un poco parado, pero funciona muy bien. Además de para hacer diagramas E/R te permite hacer también diagramas de flujo, UML y multitud de cosas más.
Aquí tienes multitud de ejemplos de diagramas. Parecen complejos, pero es fácil de utilizar, y no hay que ser muy estricto para las cosas.
El que más me gusta es este:
Los mios son más simples, pero no encuentro ninguno en este ordenador.
