Hola de nuevo:
A ver que se puede hacer...probemos al fin que echando a perder se aprende, prueba hacer la primer consulta de la siguiente manera:
SELECT COUNT(*) INTO :conflicto
FROM CITA
WHERE fecha=:fecha AND id_usuario=:id_usuario AND secunduaria=:secundaria
AND (
:inicio<fin AND fin<=:fin AND :inicio<=inicio AND inicio<:fin
AND (
( inicio<=:inicio AND :inicio<fin AND inicio<:fin AND :fin<=fin )
OR ( :inicio<=inicio AND inicio<:fin AND :inicio<fin AND fin<=:fin )
)
);
y a ver si asi funciona el asunto (cambie el orden del into antes de la clausula from por si no te has dado cuenta)
Saludos