bueno, el registerwindowsmessage, debes registrarlo luego luego en la primera instancia, cuando entre la segunda, al volverle a dar el registerwindowmessage te devolvera el mismo numero de mensaje, asi que los 2 ya podran procesarlo...
lo que tambien se me ocurre, porque no desde la primera aplicacion usas un setforegroundwindow desde la aplicacion que se abrio la segunda vez y asi no tienes que mandar un mensaje
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