A ver si entendí bien.. supongamos tenés una factura con 3 líneas de detalle, la modificas, esa modificación es eliminar una línea, lo que querés hacer es sincronización con la base MySQL?
No podes eliminar basándote en claves primarias? Recortes los detalles de MySQL, y los que no estén en la temporal, los eliminas.
Otra forma es borrar todo y re insertar nuevamente
Quizá sea muy a lo bestia pero no se me ocurre mucho más
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