Gracias por las respuestas.
He buscado el nombre del fichero en el registro (he supuesto que de ahí se lo sacaba) y he visto que solo aparecia en una rama del 'installer', asi que he arriesgado un poco y he borrado esa rama del registro. Reinicio y ya no se ejecuta el windows installer a cada momento.
Pero no sé si me saldrán más problemillas ...
Bueno ya os diré algo más.