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No entiendo muy bien qué haces. Si la consulta final es con la que insertas el archivo, pues parece que en lugar del archivo en sí, lo que estás insertando es el nombre del archivo.
Tendrías que leer el archivo subido con, por ejemplo, file_get_contents, que te devuelve el contenido del archivo como un string e insertar ése en la tabla.
// Saludos
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