Hola,
No sé. Según lo veo, a bote pronto, se me ocurre que crearas un nuevo programa, cuya misión fuera, precisamente, mostrar al usuario un menú (botones, imágenes, qué sé yo, un menú en abstracto) que le permita elegir "la empresa" con la que quiera trabajar.
A continuación y, según la elección del usuario, dicho programa se encargaría de ejecutar lo necesario: el programa correspondiente a la empresa X, por poner un caso. ¿No es aparentemente algo sencillo como lo dicho lo que se precisa? Entonces, ¿me estoy perdiendo algo? No sería extraño.
