Según intuyo, creo que es cuestión de InnoSetup o cualquier otro instalador. Así distribuyes un solo archivo que despues creará la estructura de carpetas, copiará las dll en la carpeta de windows y ejecuta el setup de mysql, completado el asunto, se eliminan los archivos temporales.
Ahora me estoy peleando con él y desde luego, en cuanto a libertad es .... infinito ....ito...ito...ito...
Saludos