Hola,
Piensa que la estructura de tu web es como esta:
\imagenes\
\pagina1.html
\index.html
Pues podrías agregar un nuevo directorio donde almacenar los javascripts
\imagenes\
\scripts\
\pagina1.html
\index.html
y en lugar de tener en tu html
Código:
..
<head>
<script>
//Contenido del script
</script>
</head>
..
pues, llamarías al script desde su ubicación
Código:
..
<head>
<script src="scripts/miscript.js"></script>
</head>
..
y así lo podrías hacer tanto en index.html como en pagina1.html
No está de más que te eches una pasada por
W3 Schools y sigas los tutoriales de HTML y Javascript que se tienen allí.