Hace tiempo escuche sobre una solucion para leer archivos binarios, se supone que es para comunicar AS3/AS2 y PHP, pero puedes acomodarlo a tus necesidades.
AMFPHP
Código:
http://www.codigometropoli.com/introduccion-a-amfphp/
Código:
http://es.w3support.net/index.php?db=so&id=503143
Ojala te sirva.