Encontre esta utilidad:
Open DBDiff que funciona solo con SQL Server (2005+). Es libre (GPL2) y hace su trabajo. Es facil, rapido y efectivo
Simplemente seleccionamos las 2 bases de datos (que pueden estar en dos server distintos, osea, me puedo conectar remoto) ponemos comparar y te muestra tanto en gui como en script las diferencias. Luego hasta tiene un botoncito mas que actualiza todo. Una joya.