Fijate en el cuadro donde pone "build with runtime packages". debajo tienes un control edit con la lista de los packages que vas a utilizar en el proyecto. Si has eliminado alguno que estes usando, Builder te deará error cuando intente el linkado. Esa lista está por defecto, a no ser que desinstales realmente (y no el simple borrado, que solo afecta al proyecto en curso) algún package.
Trata de hacer un nuevo proyecto para hacer pruebas. Si te siguen los fallos, posiblemente tengas desinstalado packages necesarios de las VCL y lo mejor es que realizes una reinstalación del Builder en modo reparación.
Te aseguro que la forma que te he descrito para conseguir ejecutables portables funciona a la perfección y la uso comúnmente para programas pequeños y algunos no tan pequeños.
Saludos.