Acabo de editar mi anterior post un poquitín, y mientras hacía ello me dí cuenta que ya me habías respondido
dec,
Pero me parece que lo que dices, suena a una respuesta mucho mas aproximada de las razones del que no aparezca con el otro servidor:
Páginas duplicadas.
Tendría que eliminar la primera y mantener o quedarme solo con la 2da que tiene PHP, mandarla a indexar y esperar los resultados de aquí a un tiempo para comprobar si realmente es cierto esta teoría.