Hola,
Seguro que me equivoco, pero, en fin, allá va: ¿estás utilizando algún componente del tipo "TrayIcon" que pudiera estar configurado para ocultar la aplicación de la barra de herramientas y mostrar únicamente el icono en la barra de tareas? ¡Cuánta barra! ¡Barra libre para todos!