Hola
Existe un utilitario freeware llamado "Free Serial Port Monitor" que te muestra en pantalla los datos que van y vienen por un puerto en uso por otra aplicación. También se puede guardar esa información en archivos de texto. El software de que hablo se debe ejecutar ANTES de la aplicación a monitorear y se debe seleccionar el número de puerto (COMx) a monitorear. Lo he usado cuando tuve que hacer unos desarrollos que usaban ese puerto.
Está en varios idiomas, incluído el español:
http://www.serial-port-monitor.com/
La misma empresa hace otras versiones (pagas) con más prestaciones, pero la versión freeware puede servirte.
Saludos !