[[Lepe]]

En su momento tambien me desconcertó ese funcionamiento, así que derivé de Tcheckbox y me creé el mio propio:

Código Delphi [-]

unit CheckBoxNoClick;

interface

uses
  Windows, Messages, SysUtils, Classes, Controls, StdCtrls;

type
  TCheckBoxNoClick = class(tcheckBox)
  private
    { Private declarations }
  protected
    { Protected declarations }
  public
    { Public declarations }
  published
    { Published declarations }
    procedure SetChecked(Value:Boolean);
  end;

procedure Register;

implementation

procedure Register;
begin
  RegisterComponents('Standard', [TCheckBoxNoClick]);
end;

{ TCheckBoxNoClick }

procedure TCheckBoxNoClick.SetChecked(Value: Boolean);
begin
  try
    clicksdisabled := True;
    inherited;
  finally
    ClicksDisabled:= False;
  end;
end;

end.

Cuando no se quiere que desencadene el evento OnClick por código, se usa SetChecked.
Cuando se necesita el comportamiento normal, se usa como siempre.

Saludos