Hola,
En
mi página puedes ver el código de mi unidad
uiapp que sirve para evitar que una aplicación se ejecute más de una vez. ¿Por qué te digo esto? Porque parte de la unidad lo que hace es justamente activar la instancia de la aplicación que previamente estuviera en ejecución y tuve el mismo problema que describes. En la función AppWndProc de la unidad mencionada, verás lo que hago para evitar eso y posiblemente sirva en tu caso.
// Saludos