Gracias el HTML Compiler sería buena opción si solo necesitase convertir una web a ejecutable,
pero mi programa lleva más cosas que el navegador.
Lo más simple que he encontrado es usar programas virtualizadores que te meten todo en un ejecutable
tipo el Enigma Virtual Boxm (gratis), Molebox (de pago)....... hay muchos mas, que creo que en tiempo de ejecución extraen los ficheros en un directorio temporal.
http://enigmaprotector.com/en/aboutvb.html
http://www.molebox.com/