[juanpy]

    function JSEmiteFactura($sender, $params)
    {
     ?>
     //begin js  
     if(confirm("¿Desea grabar los datos de la facturacion?"))
         findObj('HiddenField6').value ="S";  //Opcion 1, cargo un campo oculto
      //   document.cookie ='variable=si; expires=Thu, 2 Aug 2021 20:47:11 UTC; path=/'; //Opcion, creo una cookie
      //   value="<?=$_SESSION['variable'];?>"; // Y opcion 3 (la que mas me gusta, asigno valor a una variable session para despues ejecutar junto con la nueva pagina

      WinFactura = window.open ('factura.php');
      if(WinFactura)
         return false;
      else
         window.alert('Su navegador no puede generar la pagina con la nueva factura!');
       close;        
     //end
     <?php        
    }

Debo cargar la opcion del confirm en JavaScript, despues compararla con PHP en donde ejecutara el proceso una vez UnLoad la nueva pagina factura.php

Espero y me pueda ayudar en esto.

Gracias