Hola
Prueba también a renombrar la base de datos y ponerle una extensión que no sea .gdb (por ejemplo .dat)
Otra cosa que se recomienda es poner la base de datos isc4.gdb (donde se guardan los datos de usuarios) el atributo de solo lectura. (Cuando quieras añadir un usuario o un rol, deberás quitar momentaneamente ese atributo).
Todo eso es para evitar que al conectarte a la base de datos por primera vez, el sistema operativo haga una copia completa del archivo (cosas de Microsoft).
Para cambiar de IB6 a Firebird 1.03 es muy probable que con un simple Backup/Restore, todo funcione correctamente, sin hacer ningún cambio en la aplicación (puesto que las diferencias entre los dos servidores exceptuando los bugs corregidos, són mínimas).
En cambio si cambias a Firebird 1.5 si que puedes encontrar más cosas que no funcionen, debido a que esta versión ya incorpora cambios considerables. En ese caso sería mejor que utilizaras componentes que soporten especificamente ese servidor (freeib ya no sigue evolucionando por lo que nadie lo va a adaptar a FB 1.5). Podrian ser :
UIB
IBO
FibPlus
MDO (esta evolución de FreeIB no parece soportar aún FB 1.5, pero al menos está en desarrollo)
DBX con el driver de
www.upscene.com
ZEOS
SQL Direct
...
Saludos.