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Hola
Yo he trabajado tanto con tablas myisam como innodb, trabajar con myisam es algo mas rapido que con innodb, pero no tienen ni integridad referencial ni transacciones (al menos en la version 4 ), para trabaja con "transacciones" con myisam debes utilizar el bloqueo de tablas.
A la hora de gestionar los dos tipos de bbdd para mi es mas facil myisam que innodb.
En resumen, y a mi criterio, si necesitas integridad referencial o transacciones sin duda innodb, en caso contrario myisam.
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