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El estándar en Windows es el de instalar los programas en C:\Archivos de Programas o cualquier otra ubicación que esté establecida en la configuración. La ruta a instalar esta definida por la variable [ProgramsFileFolder].
Si aún así quieres cambiar la ubicación predeterminada de tu programa, pues entonces, creo que en installShield existe una opción que permite que el usuario final pueda especificar la ruta de instalación, debes buscarla.
Por otro lado, quiero aclararte que en InstallShield "DATABASEDIR" no es precisamente la Base de Datos que utiliza directamente tu sistema, sino más bien, es una base de datos especial del instalor, que le indica los archivos que se instalaron y dónde fueron instalados, esto es para propósitos de actualizaciones o cuando desintales el sistema.
Creo que tu inquietud debe ser por el hecho de querer almacer la base de datos en otro lugar donde no esté el sistema operativo, por eso de los virus y facilitar el formatear el sistema sin importar si se perderán datos importante. Bien, creo que con la edición express no puedes especificar una ruta dedicada a una característica del software (la base de datos). Puedes probar Inno Setup, que es gratuíto y flexible, si es que no consigues solucionar tus problemas.
Saludos.
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