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Hola. En primer lugar, no importa que tipo de aplicacion tengan instalada (si 32 o 64 bits); cuando estan en un windows de 64bits siempre se debe copiar las dll's a la carpeta SysWOW64 la cual es la carpeta del PATH de windows. Si quieren asegurarse, lo pueden hacer tambien al System32.
La carpeta System32 la han dejado para mantener la compatibilidad del sistema operativo.
Con respecto a renombrar el archivo dll, se debe de realizar manteniendo la version de la instalacion original. O sea, si sacas la dll de una instalacion de MySQL 5, el archivo debe quedar como libmysql50.dll; en cambio si la sacas de una instalacion en la version 5.5, el archivo deberá llamarse libmysql55.dll. Esto se debe a que existen características que desaparecen o otras nuevas que las diferentes versiones pueden reconocer. Por lo que para evitar resultados "fortuitos" hay que utilizar el protocolo que corresponde.
Saludos.
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