La verdad, me da la impresión de que tienes en esa máquina un lio de versiones de Firebird. Yo cuando he cambiado de versión, previamente desinstalo la anterior e instalo la más reciente, y jamás me ha dado ningún problema; es mas, en ocasiones he utilizado bases de datos antiguas de INTERBASE, y Firebird las ha "pillado" a la primera y sin ningún tipo de problemas.
A lo mejor desinstalando Firebird y asegurándote de que no queda ningún resquicio de él en ninguna parte "registro o DLL sueltas". En lo concerniente a tud BD, no creo que tengan ningún problema, sino que Firebird no está instalado correctamente.
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este mensaje que a lo mejor te orienta algo