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La función FindWindow es muy sencilla, y está muy bien explicada en la ayuda. Simplemente te devuelve el handle de una ventana que la puedes buscar por el nombre de la clase o de la ventana. Solo tendrías que saber el nombre de la clase o de la ventana que quieres buscar, por ejemplo:

var 
  hWnd : THandle; 
begin 
  hWnd := FindWindow( TMiVentana', nil ); 
  if hWnd <> 0 Then 
    SendMessage( hWnd, WM_CLOSE, 0, 0 ); 
end;

Puedes utilizar alguna herramienta como el WinSight32 para conocer el nombre de las clases de las ventanas.

Saludos!