En tu caso yo me plantearia usar un herramientas y librerias que sean multiplataforma, esto te permitira crear y compilar los programas en linux, windows, y otros sistemas operativos.
La opcion de QT es buena, existen no solo para linux sino para otros sistemas incluido windows.
Tambien tenemos la libreria de wxwidgets, con ella se han programado multitud de software que corre tanto en linux como en windows:
http://www.wxwidgets.org/
Saludos