Si no tienes experiencia con Linux ni nadie a la mano, creo que es riesgoso que arriesges a la empresa con esto. No porque Linux sea malo o algo asi, sino que una empresa no es para ponerse a jugar
Estas hablando de aplicaciones y bases de datos... yo empezaria por ahi antes de meterme de lleno a linux (de hecho eso estoy haciendo!), empieza por aprender a instalar y configuraciones elementales de Firefox, Apache, MySql o Firebird, Open Office, etc... o lo que sea que necesites montar es probable que haya version para Windows, de esa manera haces una migracion mas controlada y con menos riesgos.
Mientras, consigue una distribucion de Linux y la montas en tu casa o en una maquina virtual de VMWare y miras como es la cosa....