Te dejo
aquí un ejemplo completo con el WebBrowser que maneja varios de sus eventos así como el abrir una nueva ventana.
Ahora que estuve haciendo pruebas me di cuenta de un problema de otro tipo. Por alguna razón el WebBrowser no hace caso de la tecla ENTER. Checa si a ti te pasa lo mismo y si sabes cómo solucionarlo te agradeceré lo publiques.
// Saludos
pd: Hay un caso en el que la nueva ventana se abre en el IE de siempre: cuando oprimes Ctrl-U