[ramiretor]

Adicionalmente, otra manera de hacerlo es:

1.Modificar el archivo origen como lo haces.
2. ¿ Es que acaso en MYSQL no hay opción de hacer un export o import desde un archivo de texto?, para subir el archivo a una tabla temporal.
3. Crear un indice "al vuelo" de la tabla temporal
4. Hacer un insert de los registros cuya llave no sea igual
5. Hacer update de los registros que sean iguales
6. Borrar la tabla temporal

A lo mejor asi sea más rapido
Saludos