yo tengo un pequeño truco en ese caso. Pongo una imagen o boton, y precediendo el elemento en el HTML, meto un label con el codigo javascript para que me lance una ventana de confirm.
Código:
<label onclick="return confirm('Seguro que tal cosa?')">
<asp:imagebutton id="ibtnGrabar" runat="server" ImageAlign="Middle"
ImageUrl="images/grabar.gif"></asp:imagebutton>
</label>