Paradox no es igual que access, Access es peor todavia
En serio, lo único que se puede hacer son muchas pruebas en el entorno del cliente, ya sabes que cada ordenador es un mundo (SO, drivers, dlls cargadas...)
Supongo que el programa que reindexa, no puedes acceder a los fuentes, por tanto no puedes saber la configuración exacta, así que lo único que puedes hacer son PRUEBAS.
Modificar datos:
- con los dos programas abiertos a la misma vez
- con el tuyo cerrado y el otro abierto (y al revés)
Si los datos estan grabados y despues "desaparecen", será por causa del mantenimiento que realiza el programa de paradox, reindexar indices, por ejemplo.
Un caso conflictivo es el siguiente: Abres tu programa y modificas algunos datos, abres el otro programa, y éste realiza una reindexación de los datos mientras tu estas grabando información. Ya tienes 90% de posibilidad de perder esos datos, o de que haya inconsistencias.
Lo que sí puedes intentar es, mirar todos los archivos que puedan ser de configuración en el otro programa, con el bloc de notas, no solo los ficheros .ini sino otros que tenga con extension .dat .cfg u otra que windows no pueda abrirla.
Quizás algun parámetro de configuración pueda guiarte y saber como funciona.
Saludos