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Es posible que el cuello de botella este en las consultas en si y el diseño de las tablas, indices, etc. Tendrias que optimizar o variar las sentencias sql y crear los indices adecuados para acelerar las consultas.
Aun asi sin ver como son las tablas y consultas que usas no se puede asegurar nada al cien por cien.
Saludos
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