Personalmente he encontrado de mucha utilidad para estos fines el uso de objetos Desktop. Cuando se incia Windows y aparece la ventana de usuario y contraseña, esta ventana está montada en un Desktop distinto del usual donde aparecen el resto de ventanas de manera que no existe posibilidad alguna de que surja una ventana inesperada. De manera similar uno puede crear objetos Desktop y cambiar a ellos cuando se requiera. El uso de estos objetos es más sencillo de lo que parece y podrás encontrar información detallada en el SDK de Windows.
// Saludos
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