Hola,
Qué distro de Linux usan de servidor? Actualizaron hace poco algo relacionado con SAMBA? Qué versiones de Window$ tienen los clientes?
Perdón tantas preguntas, pero la verdad es que se puede deber a muchas cosas. El mayor foco de error puede que esté en la configuración del smb.conf pero es un poco adivinar porque en esto de las compatibilidades Lnx/Win..... mamita
Saludos!