no se que es lo que los demas opinaran, pero yo, personalmente, prefiero definir los indices cuando creo la tabla .
por supuesto que depende del uso que se vaya a hacer. en algunas ocasiones , en que vas a necesitar utilizar por ejemplo 10 indices para una sola tabla es mas aconsejable usar MasterSource, consultas SQL creadas en tiempo de ejecucion...
lo dicho, no hay una forma mejor o peor, todo depende de lo que en cada momento vayas a necesitar
un saludo
