Buenas, si te entendí bien quieres capturar las ventanas que se muestran independientemente de lo que exista detras de ellas. Si es así, eso lo puedes lograr con la combinación de las teclas ALT+Print Screen y luego ir a cualquier archivo de edición de gráficos(si trabajas con windows te valdría el paint, el microsoft photo editor, el imaging, etc...) y pegarla como si de un texto se tratara (edición pegar o ctrl+v).
Espero haberte ayudado.
Un saludo
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