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Puedes programar tu scanner para que envié un caracter especial cuando comienza a escribir y otro cuando termine, pero no creo que esto sirva si el usuario presiona una tecla en el medio. La verdad que no se porqué quieres diferenciar una entrada de la otra, precisamente los scanners tienen esta ventaja, y hace que la programación sea indistinta, si usamos o no un scanner. Creo que la mejor forma separar totalmente el ingreso del teclado del scanner, es utilizar scanners seriales.

Saludos!