Como primer paso haría una prueba sencilla: crear un archivo con la información decodificada en ambos sistemas operativos. Me suena mas a un problema del encoder de strings que al base64. Las API REST por defecto codifican todo en UTF-8, y no deberías tener inconvenientes al tratar el string en base64, pero si puede cambiar el default encoder de un sistema operativo a otro.
Si mal no entiendo
esta ayuda, deberías pode asignarle el encoder al TStringStream en el momento de la creación tanto en el cliente como en el servidor:
Código Delphi
[-]
AStringStream := TStringStream.Create(decodeBase64,TEncoding.UTF8);
Saludos.
PD: ¿En qué momento la ayuda de Delphi se volvió tan mala?... solía ser genial.