Buenos días...
Este es el bat que nosotros utilizamos.
Ahora no tengo a mano cada uno de los parámetros, pero con la documentación supongo que no tendrás problema en descifrarlo.
De todas formas, si tienes algún problema, más tarde puedo detallar cada uno de ellos.
Código:
"c:\AutoFirma\AutoFirma\AutoFirmaCommandLine.exe" sign -i %1 -o %2 -store windows -alias %3 -format facturae -config signatureProductionCity=%4\nsignatureProductionProvince=%5\nsignatureProductionPostalCode=%6\nsignatureProductionCountry=%7
Saludos