Gracias por vuestra ayuda,
ya me funciona perfectamente, he utilizado la funcion CreateToolhelp32Snapshot, con la que capturo una instantanea de los procesos en ejecucion, luego con un bucle y Process32First y Process32Next busco el proceso a matar y con las funciones que me dijiste (TerminateProcess ) me cargo el proceso.
Muchas gracias.
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