Pues yo con Guipuzcoa + anulación de facturas me encuentro con algo también pelin absurdo...
La respuesta que mandan para la subida de la factura incluye el IdentificadorTBAI como es lógico
La respuesta que mandan para la anulación de la factura no incluye el IdentificadorTBAI
Un segundo intento de anulación de la misma factura (que dará error de "la factura que quiere anular fue previamente anulada") también incluye el IdentificadorTBAI como tiene que ser.
Es todo lo abusrdo que te puedes imaginar
Les mandé un mail a ver que contestan.