Vale, el fallo estaba en mi llamada a CURL, que no le habia puesto el parametro
-H "Content-type: application/xml;charset=UTF-8"
Código:
CURL -H "Content-type: application/xml;charset=UTF-8"
-d @C:\Test\tmpFacBAI.xml_signed.xml
-o C:\Test\Output.xml
https://tbai-prep.egoitza.gipuzkoa.eus/WAS/HACI/HTBRecepcionFacturasWEB/rest/recepcionFacturas/alta